محمد نعیم کے والد قاری عبد الحلیم جب چار برس کے تھے تو اپنے والد یعنی مفتی نعیم کے دادا کے ہمراہ پارسی سے اسلام میں داخل ہوئے تھے۔ ان کا تعلق بھارتی گجرات کے علاقے سورت سے تھا، تقسیم ہند سے قبل ہی پاکستان آ گئے تھے۔مفتی محمد نعیم اگست 1958 میں کراچی میں پیداہوئے۔ بھائیوں میں سب سے بڑے تھے۔

مفتی محمدنعیم نے کراچی بورڈسے میٹرک کی۔اس کے علاوہ جامعہ کراچی سے پی ایچ ڈی کی ڈگری بھی حاصل کی،آپ کے مقالے کا عنوان اسلام میں معذوروں اورمجبوروں کے مسائل وحقوق تھا۔ پی ایچ ڈی کی ڈگری کے حامل ہونے کیے باوجوداپنے نام کے ساتھ ڈاکٹر لکھوانا پسند نہیں کرتے تھے۔

ناظره و حفظ قرآن کریم کی تعلیم پنے والد قاری عبد الحلیمؒ اور جامعہ دار العلوم کراچی کی شاخ نانک واڑہ سے حاصل کی اور اعلیٰ تعلیم جامعۃ العلوم الاسلامیه علامه بنوری ٹاؤن سے حاصل کی اور سنہ 1979ء میں فارغ التحصل ہوئے۔

فراغت کے بعد 16 سال تک جامعہ بنوری ٹاؤن میں بطور استاد خدمات انجام دیں اور ان کا شمار جامعہ کے بہترین اساتذہ میں ہوتا تھا۔ سنہ 1979ء میں جامعہ بنوریہ عالمیہ کا قیام عمل میں لائے۔ اس میں 52 ممالک سے تعلق رکھنے والے طلبہ زیر تعلیم ہیں۔ جامعہ میں مجموعی طور پر تقریباً پانچ ہزار طلبہ زیر تعلیم ہیں۔
مفتی محمدنعیم ایک سماجی راہنمابھی تھے۔ کراچی بھر کے دکھی لوگ اورکاروباری افراد ان کے پاس مشورے اور اپنے مسائل کے حل کے لیے آتے تھے۔انھوں نے غریبوں کی امداد کے لیے باقاعدہ بنوریہ ویلفیئرٹرسٹ کے نام سے رفاہی ادارہ بھی قائم کررکھاتھا۔ حالیہ لاک ڈاون میں بنوریہ ویلفیئرٹرسٹ کی طرف سے دو سو خاندانوں میں راشن تقسیم کیا گیا۔